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单细胞挑选
单细胞挑选细胞大的好处就是基本上不会伤害细胞。整个过程中细胞所经历的，也仅仅是在移液枪头中的短暂停留，因此几乎是零损伤。不过，这种方法的弊端也是显而易见，就是效率问题。首先是铺板效率，虽然不到一分钟能将一块96孔板铺满，但是一般来说96孔中有细胞的概率在2/3左右（按照细胞浓度会有所差别），其中单个细胞的概率就更小了。这些细胞要经过一段时间的生长，抗体分泌之后，在其上清液中去检测抗体含量。流程耗时太长，且效率低下。但是在没有更先进的设备的时候，这还是目前稳妥的选择。
半固体培养基挑选法。在半固体的培养基上，以一定的密度“种上”细胞，并且让细胞生长并分泌抗体。经过一段时间之后，原先细胞的周围会有抗体产生，然后对整个体系进行荧光抗体染色，并且通过荧光显微设备检测到荧光较强的“一团”，将其“挖”出。接着，经过一些特定的处理环节，将细胞置于悬浮培养环境中，让其生产抗体。
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